Baltský ostrov Peenemünde byl po celou válku pro Britské tajné služby středem pozornosti. Bylo to proto že Němci zde zbudovali tajnou základnu, kde pracovalo mnoho Německých inženýru a techniků na vývoji tzv. tajných zbraní. Byli zde vyvíjeny raketové  pohony pro budoucí Německá reaktivní letadla a obávané odvetné zbraně V1 a V2. Britové samozřejmě věděli co se na ostrově děje a proto jej navštěvovali pravidelně se svými průzkumnými letadly. Jednoho dne se jim podařilo vyfotografovat záhadné bezocase letadla a vzletová plocha vykazovala provoz tryskových motorů.

 Vlastní vývoj Messerschmittu Me 163 začal již v roce 1936. Jádrem byl raketový motor R-II-203, jenž byl zabudován do draku, který bal odvozen z dlouhaleté  zkušenosti z bezocasými kluzáky konstuktéra Lippische. Při startu prvního prototypu v roce 1941 bylo dosaženo úžasného výsledku, letoun dosáhl při letu střemhlav  rychlosti 1002 km/hod. Poté přišla spousta úprav jenž měla prototyp připravit pro bojové použití, pohonnou jednotkou se měl stát motor HKW 509B-1 s tahem 2000 koní. Palivo se však při takovém výkonu velmi rychle spotřebovávalo a let trval jen několik minut. Bylo proto plánováno spojení Me 163 s letounem Me 110, jenž měl „raketovou“ stíhačku vytáhnout tažným lanem do výšky 10000 metrů před nalétávající svaz a poté ji odpoutat. Me 163 poté s výhodou své obrovské rychlosti napadl bombardéry ,a jelikož palivo stačilo pouze na jeden útok , došlo k odpoutání a přistání na vlastní základně. Problém s doprovodnými stíhači byl zanedbán již jen pro velkou rychlost tohoto stroje. V praxi však Komet, jak byl stíhač označen startoval sám.

 Pohonem pro raketovým motor byl peroxid vodík vodíku a hydrát metazinu s methanolem. Oba tyto prvky byli velice vznětlivé a proto let i přistání byli velice nebezpečnou záležitostí. I přes nebezpečnost této látky byla objednána sériová výroba a prvních 70 kusů mělo pod vedením kapitána Späteho získat první bojové poznatky a připravit bojovou taktiku nasazení tohoto stroje. Brzy zakládá jednotku se zkratkou EK 16. Tato jednotka je zpočátku dislokována na základně Peenemünde, zde je však pro časté „návštěvy“ bombardéru spojenců příliš zranitelná a proto se přesouvá do Bad Zwischenahn. I zde je výcvik provázen mnoha nehodami a je zraněno mnoho zkušených pilotů. Zde také dochází k prvnímu bojovému startu proti nepříteli. Pilotem je W. Späte a startuje s prototypem tohoto letadla. Jsou zde zkoušeny i různé zbrojní alternativy a to např. změna 20 mm kanonu za Mk 108 ráže 30 mm, rakety atd.

První bojovou jednotkou je I/JG 400 startujíce z letiště Brandis u Lipska. Jednotka s tímto typem dosáhla 9 vítězství při 14 vlastních ztrátách.Nutno podotknout že ztráty byli způsobeny nehodami. Další bojové skupiny, jenž se formovali již ke konci války, do bojů nezasáhly.