Zrod tohoto bombardovacího letadla, jenž se svou úspěšností, oblibou u frontových letců a také samozřejmě svými činny zapsalo nesmazatelně ho historie druhé světové války, je datován rokem 1935. Tohoto roku totiž RLM podalo několika renomovaným firmám, mezi nimiž nechyběl Messerschmitt, Focke-Wulf a Junkers, požadavek na vývoj rychlého bombardovacího letadla schopného při rychlosti 500 km/hod dopravit 800 kg pum na území nepřítele.

 Junkers projektoval robustní středoplošník s oválným průřezem trupu. Motory byli umístěny ve dvou motorových gondolách pod   křídly. Posádka byla tvořena třemi muži a  později čtyřmi. Letoun byl velice pohyblivý  a jeho rychlost byla také přijatelná, proto není divu že byla objednána sériová výroba. Výroba byla roztroušena do několika podniků, ze kterých se sváželi jednotlivé díly do hlavní kompletační továrny. Podle počátečných odhadů tak mělo být vyrobeno až 300 Ju 88 za měsíc! První jednotkou jenž byla vyzbrojena těmito typy byla I/KG 30, která měla za úkol vypracovat metodiku použití těchto tzv.“Schnellbombers“ (rychlých bombardérů).

 Prvotní verze A-1 byla ještě vyzbrojena výklopnými brzdícími štíty jenž sloužily k vybírání střemhlavého letu. Posádka byla tvořena čtyřmi muži. Letoun unesl až 2400 kg pum, jenž byli neseny v pumovnici integrované v trupu a čtyřech vnějších závěsnících. Výzbroj sestávala ze čtyř kulometů. Verze A-2 měla možnost nést pomocné startovací rakety.A-3 měla zdvojené řízení pro výcvik nových pilotů.

 Základem velké série byla až verze A-4. Byli zde integrovány motory Jumo 211J. Tato verze však byla nasazena ve velkém počtu až při útoku na SSSR. Verze A-6 měla zařízení pro odřezávání lan balónů jenž byli použiívány k pasivní ochraně. Verze A-6/U byla určena pro útoky na námořní dopravu nepřítele, nesla pod křídly přídavné palivové nádrže. Samozřejmě, že ani u tohoto typu se neobešla výroba bez mnoha dílčích úprav. Obranná výzbroj byla dále zvětšována až na standart 6 kulometů. Přibylo pancéřování a dostalo se také na tropikalizaci, která uzpůsobila typ pro službu v Africe. Stroje verze A sloužily nejen v Luftwaffe, ale byli dodány také  Finsku, Maďarsku a Rumunsku. Další verzí je např. Ju 88S, jenž nesl silnější motory.Verze D byla určena pro průzkum a nesla zabudované kamery plus zvětšenou zásobu paliva včetně přídavných palivových nádrží pod křídly. Verze P byla modifikovány pro boj s tanky na východní frontě. K tomuto účelu se však příliš nehodila.

 Poslední kategorií je jistě junkers v roli „Mistel“-zde byl spojen se stihačkou Me 109  nebo Fw-190 a naložen výbušninami. Pilot stíhačky tak navedl Ju 88 na cíl a v příhodný okamžik se odpoutal. Odpoutání bylo zajištěno pomocí pyrotechnických výbušnin na vzpěrách. Na tyto účely byli používány dosluhující stroje se změněnou přídí.  Koncepce Mistelů byla použita až v samém závěru války. Bylo to nejčastěji proti mostům, po kterých proudili zásoby armádám nepřítele.Takhle upravených Junkersů bylo připraveno asi 250.